A kalászosokat fertőző kórokozók, mint például a gabonavírusok, a levélfoltosságok vagy a sárga-és vörösrozsda a gyepterületeken, árvakeléseken átvészelhették a betakarítás utáni időszakot. Már a hajnali és az esti páralecsapódás kedvezhet a kórokozók megtelepedésének, fejlődésének. A friss vetésekre a gombák spórával szél útján könnyen átterjednek, így egyes területeken jelentős kórokozónyomásra lehet számítani.

Csak a fertőzés korai szakaszában történő védekezés lehet eredményes. Ezért érdemes folyamatosan monitorozni az állományokat.

Búzán talán a fahéjbarna levélfoltosság (Pyrenophora tritici-repentis) fordul elő leggyakrabban. Kezdetben kisméretű, ovális, világosbarna foltok jelennek meg a leveleken, amik a fertőzés előrehaladtával összefolynak és elszáradnak.

Az árpán főként a hálózatos levélfoltosság (Pyrenophora teres) megjelenésére számíthatunk, ami minden évben visszatérő problémát jelent. A leveleken hosszanti, barna foltok alakulnak ki, majd elsárgul a levéllemez.

A rozsdagombák biotróf életmódú kórokozó, ezért csak élő növényeken képesek fennmaradni. Így várható, hogy a száradó árvakelésekről a friss vetésekre terjed át a kórokozó. A fertőzött növény vízleadása fokozódik, ami korai levélszáradáshoz vezethet. Leggyakrabban a levél-, barna- vagy vörösrozsda (Puccinia recondita) okoz kárt. A gomba melegkedvelő faj, de jól tolerálja a hideget is. A kórokozó rozsdavörös uredotelepei már ősszel kialakulhatnak a leveleken. Általában elszórtan helyezkednek el, de akár az egész levéllemezre is kiterjedhetnek. A fekete színű teleutotelepek később, a kórfolyamat végén alakulnak ki.